Qual destas formas é a correta?

"O que você quer que eu faço"
ou
"O quer você quer que eu faça"

Na linguagem do dia-a-dia, na linguagem corrente, não é muito comum o uso da forma "faça". É mais comum ouvirmos "o que você quer que eu faço"... "o que quer que eu digo"... "você quer que eu compro..." "você quer que eu vou lá..." e assim por diante.
Esta forma pode ser usual, mas, na língua formal, no padrão culto, o correto é:

"Você quer que eu vá?"
"O que você quer que eu faça?"
"O que você quer que eu diga?"
"O que você quer que eu compre?"

Trata-se do modo subjuntivo, usado quando desejamos expressar hipótese, dúvida, possibilidade, probabilidade, suposição, especulação. O grupo Paralamas do Sucesso usa o subjuntivo na canção "La Bella Luna":

"...Por mais que eu pense,
que eu sinta, que eu fale,
tem sempre alguma coisa por dizer..."

"Por mais que eu pense" indica que estou me referindo a uma situação que pode acontecer, que talvez venha a acontecer ou que acontece com freqüência. Com frases como "Por mais que eu fale...", "por mais que eu sinta...", eu me refiro a fatos que não são reais no momento, mas são uma hipótese, têm uma probabilidade de acontecer. Por isso a canção usa corretamente o modo subjuntivo.

Portanto:
Modo subjuntivo é adequado à idéia de dúvida, hipótese, possibilidade, probabilidade, especulação, suposição.